Символичните действия на тялото, речта и ума – наречени Трите Мистерии или Трите Тайнства, присъстват навсякъде във Вселената. Природните явления, като например планините и океаните, или дори хората, изразяват истината описана в сутрите. Самата Вселена се въплъщава в тях и не могат да бъдат отделени в ученията. В своя труд "Постигането на Буда в това тяло," Kôbô Daishi казва:
"Формирайте мудри с ръцете си, рецитирайте мантри с устата си и живейте в медитация с ума си."
Тези тайнства позволяват да се насладите на природата на Буда, която съществува вътре в нас, а също и в огромната Вселена - „Каквото отвън - това и отвътре”. Практиката на трите тайнства представлява използване на вибрационни кодове, които задействат енергии и в двете посоки - навътре в тялото и навън във Вселената.
Тайнството на тялото: Езотерични мудри
Жестовите форми, наречени мудри изразяват в скрита форма, дейността (движението) на тялото. Тези мудри символично идентифицират практикуващият с Вселената. Човешките, телесни функции са представени като символи – ключове, към по-голямата Вселена – микрокосмос и макрокосмос. В "Дискурс или визуализация на истината в Съзнателна рецитация." Kobo Daishi пише:
"Ако Будите са Dharma Реалност,
те съществуват в тялото ми.
Ако аз самият също съм Dharma Реалност,
тогава съществувам в рамките на Будите."
Тайнството на Говоренето: Езотеричните рецитации на Мантри
Трите тайни практики на словото се изразяват с тайна реч, чрез мантри и dharanî. Мантрите и dharanî-те са вибрационни формули за призоваване. Създаване, чрез рецитация на вибрационни ключове, на енергийно ниво. Kobo Daishi пише в "Истинският смисъл на звуковите срички":
"Чрез рецитиране на звукови срички с ясно разбиране, ние проявяваме истината".
Това, което наричаме „истина”, изразена със „звукова сричка", е част от трите тайнства, чрез които всички неща, Вселената, човек и Бог са едно цяло. Това е оригиналната истинската същност на всичко съществуващо - вибрационният, квантов модел на Вселената. Поради тази причина, предаваното от Dainichi Nyorai истинско значение и смисъл на израза „звукова сричка” , е нещо което „пробужда тези, които дълго и дълбоко спят”. Вибрационен код за задействане на енергията в нас и около нас.
Тайнството на Ума: Вътрешна визуализация
Тайната в дейността на ума, се изразява във вътрешната визуализация на Будите или други божествени проявления, чрез мантрични символи и други символни форми. Дейността на ума прониква през всичко съществуващо и всички явления.
Kobo Daishi пише за това в "Смисълът на сричката Hum (ОМ)":
"Трите тайнства на Dharma тялото не се ограничават само в същността си , чрез най-фините частици, и не се разпространяват само, чрез запълване на цялото пространство. Те навлизат (като енергия) в камъни, растения и дървета без значение от материята (енергийната същност на материята). Те навлизат в хора, богове, демони, и животни, без да избират. Те заемат и изпълват всички места. Няма нещо, през което те да не (преминават и) действат."
Целта на езотеричната медитация е състояние на нищожност, когато тялото и ума се абсорбират в пасивност. Будизма разглежда това като основа за преминаване към осъзнаване и утвърждаване на себе си и всички явления, на езотерично ниво.